Die Geschichte der Kirche von Köflach ist eng mit der Geschichte Köflachs verknüpft. Erste Besiedelungen in Köflach gab es schon in der Altsteinzeit, davon zeugen noch heute die Höhlen vom Zigöllerkogel. Zur Zeit Jesu haben die Kelten in unserem Gebiet gewohnt, die Römer die Verwaltung übernommen und die Provinz Noricum gegründet. Von den Römern sind noch einige Römersteine geblieben, zwei sind in der Außenmauer unserer Kirche verarbeitet.
Nach dem Zerfall des weströmischen Reiches und während der Völkerwanderung siedelten Slaven und Baiern in unser Gebiet. Um nach den Wirren der Völkerwanderung wieder Ordnung zu erhalten, wurden vielerorts Klöster mit der Verwaltung betraut.
Große Teile der Weststeiermark wurden 1103 von Herzog Heinrich von Kärnten dem Benediktinerkloster St. Lambrecht geschenkt, der Abt wurde Schirmherr über das Gebiet. Dieser bemühte sich auch, das Marktrecht für Köflach zu erhalten. Am 3. März 1170 wurde dies vom Kaiser des heiligen römischen Reiches, Friedrich I genannt Barbarossa erteilt. Der Abt wählte den Namenstag der Pfarrpatronin zum Abhalten des Jahrmarktes. Noch heute findet der größte Kirtag des Bezirks am 22. Juli, zu Maria Magdalena statt. Diese Wahl der Pfarrpatronin setzt den Bestand eines Gotteshauses voraus.
1634 war ein Schicksalsjahr für Köflach und die Pfarre. Es wütete die Pest, die Kirche wurde von einem Blitz zerstört, ein Neubau wurde notwendig. Die Grundsteinlegung für unsere heutige Kirche erfolgte am 7. April 1642. Als Baumeister wurde Cyprian Sciassia engagiert, sein Bruder Domenico war in kritischen Bauabschnitten als Polier tätig. Die Familie stammte aus der südlichen Schweiz, nahe der italienischen Grenze. Domenico Sciassia war als St. Lambrechter Stiftsbaumeister tätig, wo er unter anderem am Stiftshaus selbst wie auch in Mariazell tätig war. Er liegt in der Mariazeller Basilika begraben.
Cyprian Sciassia wählte als Grundriss für die Kirche ein Passionskreuz, auch lateinisches Kreuz genannt. Die Querbalken schneiden das Langhaus in der Mitte. Von innen betrachtet liegt diese Überschneidung, auch Vierung genannt, nicht in der Mitte, da die Ostseite zugunsten der Sakristei verkürzt wurde. Die Kirche ist mit dem Hauptaltar gegen Osten ausgelegt was nicht zwingend, aber durchaus üblich war. Man betet dadurch gegen Osten, zur aufgehenden Sonne, ein Symbol für Jesus Christus. Lange Zeit beteten die Priester gemeinsam mit dem Volk in die gleiche Richtung und mussten dadurch den Rücken zum Volk drehen.
Das Stift sowie die umliegenden Pfarren beteiligten sich an den Baukosten, die Pfarrbewohner unterstützten den Bau mittels Bauholz und Fuhrtätigkeiten. Während des Baues wurden 191.000 Mauerziegel und 61.800 Dachziegel verbaut.
Am 24. August 1692 erfolgte die Weihe der Kirche durch den Fürstbischof Rudolf Josef Grafen Thun. Die Kirche wurde aber in den folgenden Jahren noch vervollständigt, die barocken Fresken kamen erst 82 Jahre später durch Adam von Mölk hinzu.
Im Laufe der Zeit gab es immer wieder Renovierungstätigkeiten, die letzte Innenrenovierung erfolgte 1998, die Orgel wurde 4 Jahre, die Außenanlage 6 Jahre später renoviert. Damals wurden insgesamt 1,3 Mio € investiert.